1999年，詹伯林归队，2000年，乐队发行了一张概念专辑《玛奇娜/上帝的机器（Machina/The Machines of God）》，专辑的概念即乐队扮演他们在公众中的形象。专辑获得的评论又一次毁誉参半，销量也不怎么样。在《玛奇娜》的录制后期，贝斯手达西离队，原“洞穴”乐队贝斯手梅丽莎·阿芙·德·莫尔（Melissa Auf der Maur）取而代之。

乐队最后的专辑是《玛奇娜II /现代音乐的朋友和敌人（Machina II/The Friends & Enemies of Modern Music）》。《玛奇娜》本来是计划像《甜瓜牧羊犬》一样以双CD的形式发行，但被“维京”否决。于是，这张专辑最后以挑25位歌迷发送的方式发行，其MP3格式随后在网络上免费提供下载。

2000年年底，“了不起的蠢货”解散，12月2日，乐队在伊利诺伊州芝加哥的“地铁音乐吧”举办了最后的演出。

后“蠢货”时期

2000年，科根和托尼·爱欧米（Tony Iommi，“黑色安息日”乐队吉他手）一起为爱欧米的同名个人专辑写了歌曲《黑色特赦令（Black Oblivion）》。2001年7月和8月间，科根加入“新秩序”乐队，参加了乐队在英国和日本的演出，并为推销乐队的新专辑《预备（Get Ready）》一同出现在摩比（Moby）在美国旧金山、范库弗、西雅图和洛杉矶举办的“地区：一号”（Area: One）巡演。2001年晚些时候，科根和詹伯林、吉他手马特·史威尼（Matt Sweeney）、戴维·帕乔（David Pajo）以及前“完美循环”乐队（A Perfect Circle）贝斯手帕兹·莲尚汀（Paz Lenchantin）一起组成了“天鹅”乐队。“天鹅”阳光、悦耳的流行摇滚曲风让歌迷和媒体倍感惊喜，其处子专辑《海上的玛丽星》（在佛罗里达州基威斯特/Key West获得灵感并创作）获得普遍的好评。比利和“天鹅”还为电影《天旋地幻（Spun）》创作了歌曲。（不过没发行CD）2003年3月，一年一度的“华尔兹”慈善义演，科根、詹伯林和爵士歌手科特·埃林（Kurt Elling）一起为无家可归的、受虐待的孩子们演唱了吉米·亨得里克斯（Jimi Hendrix）的《自由（Freedom）》。同年9月15日，科根在WGN-9的专访中宣布“天鹅”解散。

Zwan

除了演出，科根还身兼数职。他给里克·奥卡塞克（Ric Ocasek）、“洞穴”乐队、“青蛙”乐队和“凯瑟琳”（Catherine）乐队制作专辑。他给“洞穴”乐队1998年的专辑《徒有虚名（Celebrity Skin）》写了好几首歌，并以顾问的身份参与了录制了玛丽莲·曼森（Marilyn Manson）的专辑《机械动物（Mechanical Animals）》。他为电影写歌，为《妖夜慌踪（Lost Highway）》（1997）写了歌曲《眼睛（Eye）》，为《赎金（Ransom）》（1996）、《圣痕（Stigmata）》（1999）和《天旋地幻（Spun）》（2002）制作了电影歌曲。他为“新秩序”乐队和玛丽安·费斯芙（Marianne Faithfull）弹吉他和助唱。他还在“偷袭”乐队（Blindside）2004年发行的专辑《烈火背后（About a Burning Fire）》中客串合唱了一首叫《LA万岁（Hooray, It's LA）》的歌曲。此外，他还跟“要点”乐队（Taproot）一起为乐队2005年的专辑《探索蓝天（Blue-Sky Research）》写了首歌，《迷失森林（Lost In The Woods）》。而“制服本杰明”乐队（Breaking Benjamin）2004年发行的专辑《我们不孤独（We Are Not Alone）》里的歌曲《忘了吧（Forget It）》，科根也有份参与创作。

科根曾在自己的网站和MySpace空间帖类似“自传”的文字。科根告诉采访者说他写的就是自传，“我的生活是属于公众的，我决定不再保护那些让我烦恼的人。”2004年2月17日，科根帖了一则挖苦人的文字，责怪吉他手詹姆士·伊哈在四年前让“了不起的蠢货”突然解散。他还把贝斯手达西·雷茨基描述成“一个自私的精神药物瘾君子”。2004年6月3日，他帖了向伊哈道歉的短文，文中写道“我非常爱（伊哈）……我的伤害如同的我感激一样深。”在另一个帖子里，科根攻击了自己“天鹅”乐队的队友，说他们自以为是的“独立范儿”只是在伤害周围的人，并用“装腔作势”来取笑他们的独立姿态，甚至还用上了“丑恶”、“机会主义”和“自私自利”等字眼。